吳哥窟除了遭受人為和戰亂的破壞之外，還有自然的破壞。自然的破壞較長期，較難預防。

由於吳哥窟位於柬埔寨，為熱帶型雨林氣候，六月至十一月為雨季，平均氣溫在攝氏二十八度。因為氣候的關係，造成長期的日曬，雨水沖刷，使吳哥窟的遺跡遭受到長期破壞，產生剝落的現象，據統計，有20%的神像因為遭受到破壞，而剝落嚴重。

吳哥窟遭受自然破壞，主要為：
1.風化：遭遇長期的風剝雨蝕。
2.侵蝕：地球的表面不斷受到風、水的磨損。

除了上述兩點，還有一點較特別的是，生長在遺跡上的數目日漸茁壯，導致建築物成受不了其重量而倒塌。


受風化侵蝕破壞：

塔馬農遺跡





































神像






















遭樹木破壞：



塔普崙寺

被樹木毀壞的遺跡